土壌DNA検査サービス(PCR-DGGE法)

畑土壌の健康状態をチェックする方法として注目されている、
PCR-DGGE法によるDNA検査を行うサービスを提供します。


土壌中の微生物のDNAをまとめて抽出し、PCR-DGGE法で解析し、『生物多様性指数』を算出します。
生物多様性指数の変化を見ることで、土壌の健康状態を評価することができるため、農薬使用の削減につながります。
(本サービスでは、生物多様性指数の算出までを行います。土壌の健康状態の評価については、ご依頼者様でご判断ください)

検査方法

PCR-DGGE法※で解析します。
(※polymerase chain reaction;denaturing gradient gel electrophoresis)
具体的には、
(1)土壌サンプルからDNAを抽出する
(2)細菌相用または糸状菌相用のプライマーを用いてPCRを行う
(3)PCR産物をDGGE法で解析し、画像データを取得する
の手順で検査を行います。
(細菌相、糸状菌相のいずれかをお選びいただきます。「両方」も可能です。)

検査料金

1検体あたり10,000円(税別)です。
ただし、DGGEを1回ランするのに相当のコストがかかるため、下記の通りとさせていただきます。

<細菌相・糸状菌相 いずれか片方だけ解析する場合>
1検体〜10検体まで:一律 100,000円(税別)
以降、1検体追加ごとに10,000円(税別)を加算

<細菌相・糸状菌相 両方とも解析する場合>
1検体〜10検体まで:一律 150,000円(税別)
以降、1検体追加ごとに15,000円(税別)を加算

※ 料金には、DNA抽出、PCR、DGGE、生物多様性指数算出を含みます
※ DNAあるいはPCR産物をご用意いただける場合の料金はご相談ください


所要日数

検査開始より5〜10営業日
(混雑の程度、試料の状態などにより変動いたします。)

お申し込み方法

お問合せフォームより、ご希望の内容をご連絡ください。
折り返し、担当者よりメールを差し上げます。
詳細を確認の上、料金のお見積をいたします。

試料のご送付について

生物多様性指数の比較は、
同時に電気泳動した試料同士でしか行うことができません。
必ず、比較したい土壌サンプルを「同時に」ご依頼ください。

(例えば、土壌消毒の効果を知りたいときは「土壌消毒前」「土壌消毒後」のサンプルを同時に送る)
なお、同時に解析できるサンプル数は、12〜13個程度までがお勧めです。

<土壌試料の送付上のお願いとご注意>
・土壌試料は、篩にかけて均一化したのち、適当な容器(ジップ袋や試験管など)に入れ、冷凍便または冷蔵便でお送りください。
・調製中に乾きすぎないようご注意ください。
・ハンドリングと保管の都合上、試料の量は、『5〜10グラム程度』としてください。多過ぎは厳禁です。
・試料の袋に、試料番号または名称を明記してください。

<試料の送付先>
〒305-0005
茨城県つくば市天久保2-9-2-B201 株式会社リーゾ
029-852-9351

解析例

<細菌相の解析例>
細菌相2  

<糸状菌相の解析例>
糸状菌相3 

※実際にはこの後、バンドを数値化し、4種類の生物多様性指数を算出します。
Shannon Wiener’s index(H’)= ‐Σpi LN pi
Simpson index(1-D)=1- Σ(pi)2
Richness:the number of bands
Evenness:H'/ln(Richness)

参考情報

『eDNA を活用した効率的かつ高精度な土壌診断技術
〜土壌DNA の解析によって土壌の微生物相を評価する〜』
(農業環境技術研究所 農業環境インベントリーセンター長 對馬誠也)
文献PDF
 
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